《四库全书存目丛书》是清代乾隆年间编纂《四库全书》时，将大量不符合清王朝统治需要和价值标准的历代典籍摒弃在外，仅列为存目者即达6793种、93551卷。历经300年来的天灾人祸，存目之书亡失严重，现存4000余种、6万余卷，分藏在全国200多个图书馆，三成以上已成孤本。

1992年夏，中国东方文化研究会历史文化分会正式提出编纂出版《四库全书存目丛书》的计划，1992年12月23日获国务院古籍整理出版规划小组批准，列为国家级重点项目。

1993年1月组成了《四库全书存目丛书》编纂出版工作委 员会，由季羡林担任总编纂，有全国50多所大学和研究机构以及台湾、日本、美国等地的近百位文史专家和古籍学者参加的《四库全书存目丛书》编纂委员会，开始编纂工作。

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