《生物信息学（第2版）》教材仍坚持“三基”、“五性”原则，并力求在内容和形式上有所创新。使教材具备相对系统、全面的生物信息学知识体系；突出实用性，以临床实际问题作为编写出发点；简化算法流程，突出应用软件和网络资源；贴合前沿技术、方法，增加国内外研究热点知识；主要培养长学制学生运用生物信息学方法解决临床问题、进行科研设计的能力。《生物信息学（第2版）》精简基础内容，合并上一版内容相近或有较大关联的章节；结合实际应用，增加前沿新知识、新技术章节。全书共分为三篇十五章。第一篇生物信息学基础，含DNA、RNA和蛋白质序列信息资源、序列比对、序列特征分析、分子进化分析、基因芯片数据分析五章，均系生物医学相关领域发展过程中形成的基础生物信息数据及分析方法，合并第一版“双序列比对”、“多序列比对”两章为“序列比对”，合并“序列特征分析”、“表达序列分析”两章为“序列特征分析”；第二篇功能基因组信息学，含蛋白质组与蛋白质结构分析、基因注释与功能分类、转录调控的信息学分析、生物分子网络与通路和计算表观遗传学五章，均系功能基因组研究中颇具特色的生物信息学方法，合并第一版“蛋白质分析与蛋白质组学”、“蛋白质结构分析”两章为“蛋白质组与蛋白质结构分析”；第三篇生物信息学与人类复杂疾病，含复杂疾病的分子特征与计算分析、非编码RNA与复杂疾病、新一代测序技术与复杂疾病、药物生物信息学、生物信息学相关学科进展五章，均系近年发展起来的与复杂疾病有关的重要生物信息学方法，新增非编码RNA与复杂疾病的生物信息学研究、新一代测序、“组学”研究等前沿热点。绪论第一节生物信息学的兴起第二节生物信息学的内涵及其在生命科学中的应用一、生物信息学的内涵二、生物信息学在现代生物医学中的应用第三节大数据时代的生物信息学与医学一、人类基因组计划二、组学与生物信息学三、大数据时代的生物信息学与医学第一篇生物信息学基础第一章生物序列资源第一节引言第二节NCBI数据库与数据资源一、NCBI序列数据库概述二、NCBI中的重要子库介绍第三节UCSC基因组浏览器与数据资源一、UCSC概述二、UCSC基因组浏览器三、UCSC中的数据资源和常用工具第四节EMBL-EBI数据库与数据资源一、EMBL-EBI数据库概况二、EMBL基因组和核酸序列资源三、UniProt蛋白质数据资源四、Biomart数据检索平台第五节重要的非编码基因数据库一、ENCODE数据库与数据资源二、microRNA数据资源miRBase小结第二章序列比对第一节引言一、同源、相似与距离二、相似与距离的定量描述三、算法实现的比对四、序列比对的作用第二节比对算法概要一、替换计分矩阵二、双序列全局比对三、双序列局部比对四、多序列全局比对五、多序列局部比对六、比对的统计显著性第三节数据库搜索一、经典BLAST二、衍生BLAST三、BLAT四、RNA序列搜索五、数据库搜索的统计显著性第四节比对软件、参数与数据资源一、参数选择的一般原则二、主要比对软件三、EBI中的序列比对工具四、UCSC中的BLAT比对工具第五节比对技术的发展—、glocal比对二、全基因组比对小结……第三章序列特征分析第四章分子进化分析第五章基因表达数据分析

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